# ========= [INFO] ==========
# Mut inCB: not accepter mutation in BC
# Mut inMS: 2
# InputBAM: 7-N3-12cycles-IDT.AC25.merged.withUMI.group.identity.bam
# seq_deb : ACAGGTG
# seq_fin : TATGG
# MS_seq : AC
# excl : G,T
# nom  : AC25
# typeF: IDT
# log file: 7-N3-12cycles-IDT.AC25.merged.withUMI.group.identity.AC25.seq.log
# =============================
#
#-------------- Filt ------------------
# condiGrep: ACAG.TGAC.+ACACAC.+AC.ATGG|ACAG.TGAC.+ACACAC.+ACT.TGG|ACAG.TGAC.+ACACAC.+ACTA.GG|ACAG.TGAC.+ACACAC.+ACTAT.G|ACAG.TGAC.+ACACAC.+ACTATG.|ACAGG.GAC.+ACACAC.+AC.ATGG|ACAGG.GAC.+ACACAC.+ACT.TGG|ACAGG.GAC.+ACACAC.+ACTA.GG|ACAGG.GAC.+ACACAC.+ACTAT.G|ACAGG.GAC.+ACACAC.+ACTATG.|ACAGGT.AC.+ACACAC.+AC.ATGG|ACAGGT.AC.+ACACAC.+ACT.TGG|ACAGGT.AC.+ACACAC.+ACTA.GG|ACAGGT.AC.+ACACAC.+ACTAT.G|ACAGGT.AC.+ACACAC.+ACTATG.
# condiSet1: s/\t.*ACAG.TGAC/\tAC/;s/\t.*ACAGG.GAC/\tAC/;s/\t.*ACAGGT.AC/\tAC/
# condiSet2: s/AC.ATGG.*$/AC/;s/ACT.TGG.*$/AC/;s/ACTA.GG.*$/AC/;s/ACTAT.G.*$/AC/;s/ACTATG..*$/AC/
#--------------------------------------
